抛光机操作的关键是要设法得到大的抛光速率，以便尽快除去磨光时产生的损伤层。同时也要使抛光损伤层不会影响终观察到的组织，即不会造成假组织。前者要求使用较粗的磨料，以保证有较大的抛光速率来除去磨光的损伤层，但抛光损伤层也较深;后者要求使用细的材料，使抛光损伤层较浅，但抛光速率低。

解决这个矛盾的好的办法就是把抛光分为两个阶段进行。粗抛目的是除去磨光损伤层，这一阶段应具有大的抛光速率，粗抛形成的表层损伤是次要的考虑，不过也应当尽可能小;其次是精抛(或称终抛)，其目的是除去粗抛产生的表层损伤，使抛光损伤减到小。抛光机抛光时，试样磨面与抛光盘应绝平行并均匀地轻压在抛光盘上，注意防止试样飞出和因压力太大而产生新磨痕。同时还应使试样自转并沿转盘半径方向来回移动，以避免抛光织物局部磨损太快在抛光过程中要不断添加微粉悬浮液，使抛光织物保持湿度。